Cuenca media

La cuenca media comprende el tramo de la Sabana de Bogotá hasta Soacha en el embalse del Muña. Éste tramo es el más crítico debido a que las aguas negras de los habitantes de la ciudad son vertidas en los afluentes del río Bogotá (ríos Salitre, Fucha y Tunjuelito) reduciendo a cero el nivel de oxígeno disuelto en el agua volviéndolo un "río muerto" quitándole la poca vida que le queda. Su fétido olor se debe a su alto contenido de material orgánico, el cual produce una efervescencia continua resultante de los procesos de descomposición, a éste fétido olor también contribuyen los desechos de las grandes industrias liberando ácido sulfhídrico en el aire, situación que se agrava en su llegada al Salto del Tequendama por la caída del agua; sin embargo esta caída favorece la re oxigenación del agua.

Un estudio realizado por la Secretaria Distrital de Ambiente, SDA , y la empresa de Acueducto y alcantarillado de Vogotá, EAAB, estableció la relación en presencia de metales pesados para cada uno de los tributarios urbanos al río Bogota en el año 2006
El resultado de este estudio puso en evidencia que el metal predominante en cada uno de los ríos:

• Río Fucha: El plomo, superando éste el límite establecido
• Río Salitre: El Zinc, su concentración excede el valor permitido para la vida acuática 
• Río Tunjuelo: El Cromo, respecto a los otros metales, peste está por encima de los demás.